客戶定制服務是南航快運系統的創新項目，主要是針對特種貨物、高價值貨物量身定制的航運方案，該服務享受更高等級的運輸保障。南航除能為客戶提供南航快運的規范化服務之外，還免費為客戶升級服務標準，提供包括獨立監控、獨立裝艙、獨立倉儲、獨立提貨以及安保升級等個性化需求服務。
客戶如果在交運時選擇了免費短信服務，那么無論是作為發貨人或者提貨人，都可以在南航快運貨物運輸途中各個主要環節，收到系統發送的貨物信息，足不出戶輕松掌握貨物動態。客戶也可通過專線電話或南航系統，時刻追蹤貨物動態。
客戶交運的南航快運貨物，將進入獨立的VIP候機區，并且免費享受南航提供的溫控、保險箱等增值服務。另外，客戶定制的創新在于，南航快運貨物將享受艙位獨占的權力，在機艙內，該貨物周圍將不會再裝載其他貨物。
托運人在申請貨物運輸時，應正確填寫“國際貨物托運書”和有關需要的證書、文件。向海關辦理出口手續后由民航填開一份航空運單。包機運輸的貨物，每一架次填開一份航空運單。航空運單是承運人與托運人之間的貨運契約，也是航空運輸憑證。
