把保函與跟單信用證相比，當事人的權利和義務基本相同，所不同的是跟單信用證要求受益人提交的單據是包括運輸單據在內的商業單據，而保函要求的單據實際上是受益人出具的關于委托人違約的聲明或證明。這一區別，使兩者適用范圍有了很大的不同，保函可適用于各種經濟交易中，為契約的一方向另一方提供擔保。另外，如果委托人沒有違約，保函的擔保人就不必為承擔賠償責任而付款。而信用證的開證行則必須先行付款。
在憑保函交付貨物的情況下，收貨人保證在收到提單后立即向船公司交回全套正本提單，承擔應由收貨人支付的運費及其他費用的責任，對因未提交提單而提取貨物所產生的一切損失均承擔責任，并表明對于保證內容由銀行與收貨人一起負連帶責任。憑保函簽發提單則使得托運人能以清潔提單、已裝船提單順利地結匯。關于保函的法律效力，海牙規則和維斯比規則都沒有作出規定，考慮到保函在海運業務中的實際意義和保護無辜的第三方的需要，漢堡規則次就保函的效力問題作出了明確的規定，保函是承運人與托運人之間的協議，不得對抗第三方，承運人與托運人之間的保函，只是在無欺騙第三方意圖時才有效；如發現有意欺騙第三方，則承運人在賠償第三方時不得享受責任限制，且保函也無效。
保函性質：
1、是獨立于委托人與擔保人之間的反擔保或委托人與受益人之間的合同或投標條件之外的。
2、是依據其規定的條件生效的，由擔保人以保函中規定的任何單據為基礎做出決定的。
3、是不可撤銷的。
在辦理中有兩種方式，一種是自己公司有銀行授信（大多數中小企業并沒有），這種的可以直接用自己的授信額度來辦理銀行保函，等保函的期限到了之后再恢復額度，這種情況如果保函金額較大，會占用企業大部分授信額度，影響自己企業的資金運轉，所以大部分企業再遇到大額保函的時候會選擇第二種。
