組織推進能源國際合作，按分工同外國能源主管部門和國際能源組織談判并簽訂協議，協調境外能源開發利用工作。按規定權限核準或審核能源（煤炭、石油、天然氣、電力等）境外重大投資項目。參與制定與能源相關的資源、財稅、環保及應對氣候變化等政策，提出能源價格調整和進出口總量建議。

綜合司

負責文電、會務、機要、檔案、督查、財務、資產管理等機關日常運轉工作，承擔政務公開、保密、信訪，以及能源行業統計、預測預警等工作，承擔國家能源委員會辦公室的綜合協調工作。

市場監管司

組織擬訂電力市場發展規劃和區域電力市場設置方案，監管電力市場運行，監管輸電、供電和非競爭性發電業務，處理電力市場糾紛，研究提出調整電價建議，監督檢查有關電價和各項輔助服務收費標準，研究提出電力普遍服務政策的建議并監督實施，監管油氣管網設施的公平開放。

法制和體制改革司

研究能源重大問題，組織起草能源發展和有關監督管理的法律法規、規章送審稿，承擔有關規范性文件的合法性審核工作，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作，承擔能源體制改革有關工作。