北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫院主體并稱“一院三所”，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為原國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。首都醫科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內。醫院設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會會員)。
在科研方面，近年來，在原發性閉角型青光眼和原發性開角型青光眼發病機制和早期診斷方面做出重大成績，其科研成果連續獲得2013年和2014年國家科技進步二等獎兩項，2012年中華醫學獎一等獎一項，北京科技進步二等獎一項。同時多人多項目承擔國家和北京市重點科研項目。
北京同仁醫院眼外傷專科集幾代眼外傷人的總結積累、幾十年的臨床實踐診治經驗，業已形成一套具有自身特色的、在國內外業界具有良好口碑的眼外傷診斷常規，現已發展成為我國規模大、綜合技術力量強的眼外傷專科。眼外傷專科除開展一般常見疾病手術如：白內障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內異物取出，視網膜嵌頓、視網膜脫離復位等手術外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯合手術，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網膜病變、眼前節紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內復雜性眼外傷患者的轉診中心，使許多以往無法醫治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。
北京同仁醫院眼科屈光手術中心在原衛生部的批準和支持下，于1993年率先在國內開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術。時至今日，已成為國內每年完成屈光矯正類手術門診和手術總量多的屈光專科，是國內，具有國際影響力的屈光手術診療中心之一。
中心擁有一支實力雄厚的專業技術團隊，現有醫生8人，醫技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫師3人，副教授和副主任醫師4人，主治醫師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫生百余名。
為了大限度滿足患者門診、手術的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術量近1.5萬例。技術團隊多年來積累了大量的臨床手術及并發癥處理方面的經驗。
