同仁醫院現有中國工程院院士1名，北京學者3名，長江學者1名，享受政府特殊津貼專家11名，獲、北京市突出貢獻專家12名。作為首都醫科大學第四臨床醫學院，醫院承擔著重要的教學任務。醫院現有學位點28個，其中博士學位點13個。碩士生導師114人，博士生導師41人。擁有15個北京市住院醫師培訓基地。
改革開放以來，醫院共獲得省部級以上科技成果獎勵138項，其中8項，獲得國家自然科學基金資助項目253項。
醫院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科，變態反應科為國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。
北京同仁醫院眼底專科現有在職主任醫師11人，副主任醫師14人，是國內規模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關研究方向，在視網膜脫離、糖尿病視網膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復雜眼底病的臨床領域處于國際前沿。
青光眼科有博士研究生導師一人，碩士研究生導師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔首都醫科大學及首都醫科大學國際學院本科生、研究生、國際學生的臨床授課任務;青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數52張，年手術量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術前平均住院日低于4天，各項醫療指標位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養研究生和進修醫生近百名。
