醫院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科，變態反應科為國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。
北京同仁醫院眼外傷專科成立于1968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷專科。北京同仁眼外傷專科技術力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫師以上職稱的高級專業人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。
作為具有同仁特色的科室，眼外傷專科特別注意與口腔頜面外科、神經外科、鼻科等兄弟專科的合作，在交叉復合學科發展上在國內獨樹一幟。眼外傷專科與耳鼻喉科成立了鼻眼相關中心，聯合開展了復合路徑下的眶壁骨折整復術、多重療法的視神經管減壓術、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術和眶-鼻竇異物取出、眶面復合創傷多學科多層次多斷面聯合;與神經外科合作，率先開拓經顱顯微視神經管減壓開放術、眶顱異物取出術，大大提高了手術成功率。
北京同仁醫院眼科屈光手術中心在原衛生部的批準和支持下，于1993年率先在國內開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術。時至今日，已成為國內每年完成屈光矯正類手術門診和手術總量多的屈光專科，是國內，具有國際影響力的屈光手術診療中心之一。
中心擁有一支實力雄厚的專業技術團隊，現有醫生8人，醫技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫師3人，副教授和副主任醫師4人，主治醫師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫生百余名。
為了大限度滿足患者門診、手術的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術量近1.5萬例。技術團隊多年來積累了大量的臨床手術及并發癥處理方面的經驗。
