醫院建成于1921年，由洛克菲勒基金會創辦。建院之初，就志在“建成亞洲的醫學中心”。同時，北京協和醫院是洛克菲勒基金會在海外單項撥款數目、時間延續長的慈善援助項目 [8] [16]
2019年12月，中國醫學科學院在北京發布了《2018年度中國醫院科技量值報告》，北京協和醫院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院排行榜》和《2016年度中國醫院?？坡曌u排行榜》，北京協和醫院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向團體和個人提供新冠病毒核酸檢測服務醫療機構名單。 [4]
2022年10月8日，北京協和醫院緩和醫學中心成立。
科室現已整體搬至協和醫院西院區，有病區2層，床位68張；科內設有常規實驗室和科研實驗室，可以檢測近百種自身抗體，為國內的自身抗體檢測中心之一。出診醫師正副教授10余人，主治醫師10余人，分別在西院區普通、特需和夜門診出診。為全國眾多風濕免疫病和疑難重癥患者解決疾苦。
1. 炎性腸病疑難病會診中心簡介：腸道疾病是我國常見疾病，隨著人們生活習慣的改變，炎癥性腸?。ò肆_恩病和潰瘍性結腸炎）在逐年增加。目前炎癥性腸病是消化系良性疾病中診斷和困難的疾病之一，該類疾病涉及多系統受累,需要多科協作,聯合診治。 炎性腸病疑難病會診中心成立于2013年，匯聚我院11大科室，包括消化內科、基本外科、感染內科、風濕免疫科、兒科、臨床營養科、病理科、放射科、超聲科等。
2. 會診疾病適應證：腸道疾病的患者
3. 會診流程：
①門診就診：通過北京協和醫院APP，預約消化內科門診，符合會診適應證的患者可由首診醫師在征得患者或家屬同意后，開具電子會診申請單，電子申請單生成后，患者或家屬可收到醫院發送的短信通知，請您根據短信通知辦理相關的手續。
②預約時間：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③預約地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
④繳會診費：持患者身份證可在醫院收費窗口、自助機或北京協和醫院APP上繳費。費用類別為自費，醫保不予報銷；
⑤會診時間：周四下午（具體時間由會診中心安排告知）；
⑥會診地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
血友病疑難病會診
1.血友病疑難病會診中心簡介：血友病是一種遺傳性出血性疾病，因患者凝血功能異常，易出血，如果診治不及時或未得到標準規范的，可導致嚴重的并發癥，致殘及致死率較高。我院于2016年12月成立了血友病疑難病會診中心，中心團隊包括血液內科、骨科、物理康復科、感染內科、基本外科、消化內科、泌尿外科、超聲科、放射科、口腔科、產科及護理學科等。
2. 會診疾病適應證：血友病合并有并發癥的患者
3. 會診流程：
①門診就診：通過北京協和醫院APP，預約血液內科門診，符合會診適應證的患者可由首診醫師在征得患者或家屬同意后，開具電子會診申請單，電子申請單生成后，患者或家屬可收到醫院發送的短信通知，請您根據短信通知辦理相關的手續。
②預約時間：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③預約地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
④繳會診費：持患者身份證可在醫院收費窗口、自助機或北京協和醫院APP上繳費。費用類別為自費，醫保不予報銷；
⑤會診時間：周四下午（具體時間由會診中心安排告知）；
⑥會診地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
