醫院建成于1921年，由洛克菲勒基金會創辦。建院之初，就志在“建成亞洲的醫學中心”。同時，北京協和醫院是洛克菲勒基金會在海外單項撥款數目、時間延續長的慈善援助項目 [8] [16]
2019年12月，中國醫學科學院在北京發布了《2018年度中國醫院科技量值報告》，北京協和醫院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院排行榜》和《2016年度中國醫院專科聲譽排行榜》，北京協和醫院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向團體和個人提供新冠病毒核酸檢測服務醫療機構名單。 [4]
2022年10月8日，北京協和醫院緩和醫學中心成立。
為滿足大眾對連續性、綜合性醫療服務日益增強的需求，內科學系的新專業——普通內科于2004年3月在北京協和醫院率先成立。作為國內個集醫教研為一體的學術性普通內科，我科為不同患者人群提供多層次的醫療服務：
1、內科常見病、多發病患者：我們為患者提供基本醫療與專科醫療相互協調的高質量的醫療服務。
2、發熱、多系統損害等診斷不清的患者：幾年來成功診治了來自全國各地的大量疑難病、罕見病患者。在兄弟科室的支持下，我科已成為北京協和醫院公認的內科疑難病診治平臺。
3、痛風專病門診：為痛風患者進行診斷和，同時注重長期隨診和非干預。
2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院排行榜》和《2016年度中國醫院專科聲譽排行榜》。在入榜的100家醫院中，有37個是專科醫院，北京協和醫院位列。 [1]
2019年11月10日，復旦版《2018年度中國醫院排行榜》發布，北京協和居首。 [3]
2021年11月20日，復旦版《2020年度中國醫院綜合排行榜》正式發布，北京協和醫院穩居。
1. 炎性腸病疑難病會診中心簡介：腸道疾病是我國常見疾病，隨著人們生活習慣的改變，炎癥性腸病（包括克羅恩病和潰瘍性結腸炎）在逐年增加。目前炎癥性腸病是消化系良性疾病中診斷和困難的疾病之一，該類疾病涉及多系統受累,需要多科協作,聯合診治。 炎性腸病疑難病會診中心成立于2013年，匯聚我院11大科室，包括消化內科、基本外科、感染內科、風濕免疫科、兒科、臨床營養科、病理科、放射科、超聲科等。
2. 會診疾病適應證：腸道疾病的患者
3. 會診流程：
①門診就診：通過北京協和醫院APP，預約消化內科門診，符合會診適應證的患者可由首診醫師在征得患者或家屬同意后，開具電子會診申請單，電子申請單生成后，患者或家屬可收到醫院發送的短信通知，請您根據短信通知辦理相關的手續。
②預約時間：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③預約地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
④繳會診費：持患者身份證可在醫院收費窗口、自助機或北京協和醫院APP上繳費。費用類別為自費，醫保不予報銷；
⑤會診時間：周四下午（具體時間由會診中心安排告知）；
⑥會診地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
