北京大學腫瘤醫院胃腸腫瘤中心二病區擁有的胃腸腫瘤診療和研究團隊，比肩國際胃腸診療中心。共開放床位29張，專長于進展期胃腸腫瘤的手術和綜合、早期胃癌的保留功能手術、低位直腸保肛手術等。主治病種包括胃癌、結直腸癌、胃腸道間質瘤和其他少見胃腸道腫瘤。在多學科討論的基礎上，為每一位患者制定和實施為合理的診療規劃。在中心主任季加孚院長的直接領導下，科室秉承北京大學腫瘤醫院的優良傳統，追求，不斷進步，在臨床、科研、教學等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持穩健、嚴謹工作作風的同時，走上了高速發展的快車道。科室人員結構：1、人員構成：主任醫師3人，副主任醫師6人，主治醫師7人，住院醫師2人，護理人員17人。2. 科室主要領導：胃腸腫瘤中心主任季加孚，科主任步召德，護士長趙旻。
科室特色包括：微創手術、外科、疑難手術、功能保留手術、快速康復、病人全程管理。
乳腺癌預防中心提供乳腺腫瘤診斷及方面的醫療服務。本中心于1998年在北京市重點學科專項資助下組建。2004年結構調整，成為具備乳腺腫瘤診治功能的一級臨床科室，功能涵蓋乳腺癌篩查，乳腺病變的診斷，原發性乳腺癌、隨訪及康復指導，復發性乳腺癌，同時開展相關臨床與基礎研究。
2021年科室醫生總人數30人，正高職稱人數6人，副高職稱人數8人，中級職稱人數13人，初級師人數3人。按學歷劃分：博士21人，碩士4人，本科4人，專科1人。科室主任：歐陽濤，副主任：范照青、何英劍。護士長：于新穎、徐京燕、孫紅娟。
本中心由門診診室4間、住院床位64張、門診穿刺室、超聲影像診斷室等部分組成。
“依據循證醫學原則，結合研究成果，提供規范的、專業化的醫療服務，保障乳腺腫瘤的總體療效”是“中心”的任務，“提供高品質的醫療服務，做出有指導意義的研究成果”是“中心”團隊追求的目標。
腫瘤婦科現有床位32張，醫護人員20人，其中副主任醫師以上醫師3人，承擔著醫療、教學和科研工作。
主要診治婦科各種良、惡性腫瘤，包括卵巢、子宮體、宮頸、陰道和外陰的良惡性腫瘤等。開展全子宮切術、附件切除術、子宮廣泛性切除及次廣泛切除術、卵巢癌減瘤術、陰式子宮切除術、宮腔鏡、腹腔鏡手術及LEEP刀宮頸錐切術。以婦科腫瘤的綜合為特色，強調個體化綜合方案，擅長難治性或復發婦科惡性腫瘤的。主要特色包括：
1. 擅長難治性或復發婦科惡性腫瘤的。依據患者病情，合理地應用手術、化療、放療、介入和生物等手段，制定個體化方案，延長患者的生存期，提高患者的生活質量。
2. 順應微創外科的潮流，積極開展微創手術，包括腹腔鏡下廣泛子宮切除、盆腔淋巴結清掃術、宮腔鏡下腫瘤切除術、宮頸LEEP刀錐切術、子宮內膜熱球、陰式子宮切除術等。在保證效果的同時，減輕患者的痛苦，縮短術后恢復時間。
3. 與腫瘤內、外科專業組密切合作，對消化道惡性腫瘤的卵巢轉移以及乳腺癌內分泌后的婦科問題采取有力的措施進行，取得了一定的效果。
腫瘤婦科的全體醫護人員繼承老一代艱苦創業、科學求實的學風，堅持以病人為中心，規范醫療行為，保障醫療，降低醫療費用，提高醫療質量，以高水平的醫療技術和體貼周到的服務，讓患者得到滿意的效果。
北京大學腫瘤醫院胸部腫瘤內一科（原胸部腫瘤內科）是以肺癌診治為主、具有深厚沉淀、傳承并不斷發展的研究型臨床專科，多年來一直致力于中晚期肺癌規范化、個體化內科和多學科綜合及相關轉化研究。現有病床36張，醫護人員30名。10名醫生中高級職稱醫師6名，中級職稱醫師3名，初級職稱醫師1名，幾乎所有醫生均具有碩士或博士研究生學歷，3人具有國內外博士后研究經歷。護士隊伍中，主管護師4名，護師8名，本科及以上學歷8名。共同組成一支高素質、高學歷、具有豐富臨床和研究經驗、充滿蓬勃朝氣和積極進取的醫護團隊，醫教研綜合實力達國內水平。
