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北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫院主體并稱“一院三所”，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為原國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。首都醫科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內。醫院設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會會員)。
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