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北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫院主體并稱“一院三所”，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為原國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。首都醫科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內。醫院設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協會會員)。
改革開放以來，醫院共獲得省部級以上科技成果獎勵138項，其中8項，獲得國家自然科學基金資助項目253項。
同仁醫院歷經百余年發展，凝練出“精誠勤和”的醫院精神。在新的歷史時期，同仁人將繼承和發揚百年同仁優良傳統，弘揚主流文化，苦練內功，精于內涵，團結一致，創新發展，努力為人民群眾提供優質、、快捷的醫療服務。
對于一些特殊性的科室（性病、特殊病等），可以做完全保密，完成門診預約，做人性化服務和信息化的科學結合。用戶如果通過電話掛號之后，當日并沒有趕到醫院，則過期自動退號，掛號費自動退回用戶賬號。
