北京301醫院先后被評為“國際模范愛嬰醫院”、“全國百佳醫院”、“全國百姓放心醫院”、“全國百姓放心示范醫院”、“全軍為部隊服務先進醫院”，榮獲全國衛生系統“文化建設創新獎”、國家衛生部授予“醫院改革創新獎”。
北京301醫院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內、國際公開發表的論文總數和國內論文被引用次數連續4年居全國醫院之首。
令狐恩強從事消化病及消化內鏡研究、臨床、教學及保健工作，緊貼臨床一線進行技術與理論創新。他提出的疾病分類、分型，被多個學會采納寫入指南。他定名和完善的消化內鏡隧道技術，打破了傳統內科和外科的界限，將一些原本由外科手術治 療的疾病轉為內窺鏡下，且創傷極小、術后恢復快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領 先水平。
令狐恩強是一位患者可以生死相托的臨床好醫生，他的愛心里有著對患者感同身受的體貼，似乎有著當一名臨床好醫生的先天條件，他也是一位臨床研究成果頗豐的醫生。
