北京301醫院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內、國際公開發表的論文總數和國內論文被引用次數連續4年居全國醫院之首。
令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。
令狐恩強技術精湛與醫德高尚，他鉆研技術，有著鍥而不舍的韌勁。他心里裝著患者，是一位患者可以生死相托的好軍醫。他是一位經驗豐富醫術高超的消化內科專家。創新已成為令狐恩強從醫之路的主旋律，創新是為了更好地服務患者，是他多年恪守的創新目的和準則。
令狐恩強指出，近幾年，隨著消化內鏡技術的快速發展，我國已從微創外科到超級微創外科的過渡?，F在廣義上的微創手術指的是微小創口的外科手術。然而微創發展到今天，它的概念已經改變：相對于開腹、開胸而言，微創是用腹腔鏡、胸腔鏡等內鏡對患者病變部位進行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內鏡技術的發展，我們現在強調：在保留組織解剖結構完整和保證器官功能的基礎和前提下，可能性地切除病變部位，從而達到患者的目的。這我們稱之為“超級微創”，這也是未來醫學的發展趨勢。
