北大醫院前身為北京醫科專門學校附設診察所，后陸續更名為北京醫科大學校附屬醫院、北平大學醫學院附屬醫院等。1946年，醫院隨北平大學醫學院并入北京大學，由此得名“北大醫院”。1952年，全國高等學校院系調整，北京大學醫學院獨立建院，設立北京醫學院，后又更名為北京醫科大學，醫院隨之先后更名為北京醫學院附屬醫院、北京醫學院第 一醫院、北京醫科大學第 一醫院。2000年，北京大學與北京醫科大學再次合并，醫院隨之更名為“北京大學第 一醫院”。2008年，醫院成為中央保健基地醫院。
2022年度中國醫院聲譽排行榜中，1個學科位列全國第 一，5個學科排名前五、9個學科排名前十。在領軍人才建設方面，擁有中國工程院院士1人、國家自然科學基金創新群體1人、萬人計劃領軍人才/團隊6人、國家自然科學基金杰出青年基金獲得者10人、長江學者特聘/特崗教授5人、教育部創新團隊2人、科技部領軍人才/團隊6人，其他國 家級高層次人才13人、北京市高層次人才31人。
北京大學第 一醫院設有20個教研室、18個住培基地、35個專培基地，現有博士學位授予二級學科24個、碩士學位授予二級學科24個，是國家臨床教學培訓示范中心、國家住院醫師規范化培訓示范基地。醫院推動教學創新，以培養臨床醫學生勝任力為導向，開展器官系統整合的課程體系創新，PBL、模擬教學等教學方法創新，形成性評價、ePortfolio等評價模式創新。
不放棄每一個患者，資助經濟困難患者。周福德曾多次創造奇跡，將不可能變為可能。2011年9月，來自山西的90后女大學生尚月梅住進北大醫院腎臟內科病房，她被確診為“抗腎小球基底膜病導致的急性腎衰竭”，主要的治 療方式是血漿置換和血液透析。治 療價格昂貴，小尚的家境很普通，家里僅有的五萬元存款很快用完了，但后續的治 療仍需高額的醫藥費用。在小尚“命懸一線”之際，周福德捐出2萬元人民幣及時的接續上了，還積極聯系社會機構，協助募集醫藥費。在此后5個多月時間里，小尚共經歷了13次血漿置換和72次血液透析。2012年2月20日，新華網以《90后重癥女大學生病情好轉 腎功能奇跡般部分恢復》為題報道了這個故事。隨后，她的腎功能獲得部分恢復，暫時脫離透析治 療，完成了大學學業，并在2022年的世界腎臟日當天做了腎移植手術，重獲新生，創造了生命的奇跡。
