北京同仁醫院以醫院綜合醫療為主體，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所為附屬科研機構，形成 “一院三所”發展格局，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為國家臨床重點專科，中醫眼科學為中醫重點學科。
北京同仁醫院擁有教育部重點實驗室1個，工信部重點實驗室1個，北京市重點實驗室5個;工程研究中心1個，省部級工程研究中心4個;省部級國家科技合作基地2個，北京實驗室1個。醫院是全國防盲技術指導組和防聾治聾技術指導組組長單位，設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，作為國際眼庫協會會員單位，設有北京同仁眼庫。
首都醫科大學附屬北京同仁醫院（簡稱同仁醫院）始建于1886年，是一所以眼科學、耳鼻咽喉科學為國家重點學科的大型綜合三甲醫院。今天的同仁醫院分為崇文門院區和亦莊院區，現有職工3600余人。醫院設有62個臨床和醫技科室，開放病床1611張，年門急診量270余萬人次。
北京同仁醫院眼底科引領國內眼底病治 療的發展方向，在國內率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網膜脫離的手術治 療，蕞早開展了玻璃體視網膜顯微手術，創新了視網膜中央動脈栓塞的玻璃體手術治 療，在驅逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼治 療和局部切除手術治 療等多個方面處于國內和國際前沿。
