北京同仁醫院擁有教育部重點實驗室1個，工信部重點實驗室1個，北京市重點實驗室5個;工程研究中心1個，省部級工程研究中心4個;省部級國家科技合作基地2個，北京實驗室1個。醫院是全國防盲技術指導組和防聾治聾技術指導組組長單位，設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，作為國際眼庫協會會員單位，設有北京同仁眼庫。
研究方向：高度近視及其眼底并發癥的臨床研究。在國內率先開展了后鞏膜加固手術聯合玻璃體切割手術治 療高度近視黃斑劈裂。十年接診高度近視患者萬例，手術治 療三千余例。目前采用聯合手術氣體填充使高度近視黃斑劈裂視網膜脫離的一次性手術成功率達到了94.6%，多次應邀在全國眼科學術會議上發言。
眼底外科主要針對眼底疾病進行診療，包括但不限于視網膜疾病、黃斑病變、青光眼等。這些疾病在眼底外科中都有專門的診療方法，包括治 療、激光治 療、手術治 療等。如視網膜脫離通常需要進行手術治 療，而黃斑病變可能需要或者激光治 療，青光眼則可能需要、激光或者手術治 療。眼底外科是關注眼底疾病的專科，對于這些疾病的診治都有專門的方法和手段。
北京同仁醫院眼底科是我國培養眼底病專科高級醫療技術人員的主要基地之一。已經形成了一支年齡與知識結構合理、學歷層次高、兼顧臨床和臨床相關基礎研究、技術力量雄厚的眼底病學術梯隊，形成了新老結合、穩健而富有生氣的團結協作的集體，同時也成為一支具有凝聚力和較強攻關能力的團隊。本專科在職60人，目前擁有17名在職正高級職稱醫師和20名副高級職稱醫師，其中有6名為教授/博士生導師，7名為副教授/碩士生導師。擁有眼內腫瘤診治研究北京市重點實驗室；醫學人工智能研究與驗證工信部重點實驗室。
