中國醫學科學院阜外醫院始建于1956年，是一所集醫療、科研、預防和人才培養于一體的三級甲等專科醫院，是北京市醫保定點單位。
2021年8月，中國醫學科學院阜外醫院實驗診斷中心被評選為第20屆全國青年文明號。
2021年11月20日，入選2020年度中國醫院綜合排行榜。2021年12月3日，門頭溝區政府與中國醫學科學院阜外醫院簽署戰略合作框架協議，共同推動首批國家醫學中心阜外西山院區落地門頭溝。
中國醫學科學院阜外醫院（以下簡稱阜外醫院），是三級甲等心血管病專科醫院，目前正朝向綜合型醫院轉型發展。阜外醫院是國家心血管病中心所在地，是心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心建設承擔單位，是獲得全國首批“輔導類”國家醫學中心和全國國家醫學中心實質落地項目建設單位，以診治各種復雜、疑難和重癥心血管疾病而享譽國內外，已成為世界上的心血管疾病診治中心和集醫療、科研、預防和人才培養于一體的醫學研究與教育中心。
引領中國防治事業走向世界
1969年吳英愷帶領專業人員深入首鋼，率先開展高血壓等常見心血管病流行病學研究，創造了心血管病社區防治新模式，對我國民眾心血管病的預防發揮了巨大作用，形成了的“首鋼模式”，1994年WHO通過衛星向全球推廣這一模式的經驗。1981年開展了中美20年流行病合作及國內多中心長期隊列研究，在全國范圍內建立起以阜外醫院為核心的16個心血管病防治研究基地和專業的研究隊伍，掌握了心血管病和危險因素流行趨勢。阜外醫院先后于1959年、1979-1980年、1991年、2002年和2015年、2020-2022年六次領導組織全國性高血壓病抽樣調查。
國家區域醫療中心同質化建設
自2013年起，在國家衛生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外醫院充分發揮作用，陸續輸出建設云南省阜外心血管病醫院（以下簡稱“云南阜外”）、阜外華中心血管病醫院（以下簡稱“華中阜外”）和中國醫學科學院阜外醫院深圳醫院（以下簡稱“深圳阜外”）三家區域醫療中心。以同質化發展為目標，利用“傳幫帶”模式推進醫療、教學、科研、預防、管理等各方面能力和水平的提升。
