中國醫學科學院阜外醫院始建于1956年，是一所集醫療、科研、預防和人才培養于一體的三級甲等專科醫院，是北京市醫保定點單位。
2021年8月，中國醫學科學院阜外醫院實驗診斷中心被評選為第20屆全國青年文明號。
2021年11月20日，入選2020年度中國醫院綜合排行榜。2021年12月3日，門頭溝區政府與中國醫學科學院阜外醫院簽署戰略合作框架協議，共同推動首批國家醫學中心阜外西山院區落地門頭溝。
阜外醫院現有在職員工3833人，截至目前累計培養了院士6人，、省部級有突出貢獻專家28人，享受政府津貼83人，中高級職稱專業技術人員1709人。同時，阜外醫院配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模態數字化手術室等與世界接軌的醫療科研設備。
開創中國心血管病防治事業
阜外醫院心血管病流行病學防治研究工作始于1959年。1978年建立了中國個心血管病流行病學研究室，是我國個從事心血管病流行病學和人群防治研究的專業研究室。2000年成立群體遺傳學及防治研究室，在我國心血管人群防治基礎上開拓了新的遺傳流行病學的發展領域。2004年9月衛生部心血管病防治研究中心落戶阜外，具體負責推動全國的心血管病防治和研究工作。2013年國家心血管病中心投入實質運營，軟硬件設施得到極大改善，心血管疾病防治工作站上了更高平臺。
國家區域醫療中心同質化建設
自2013年起，在國家衛生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外醫院充分發揮作用，陸續輸出建設云南省阜外心血管病醫院（以下簡稱“云南阜外”）、阜外華中心血管病醫院（以下簡稱“華中阜外”）和中國醫學科學院阜外醫院深圳醫院（以下簡稱“深圳阜外”）三家區域醫療中心。以同質化發展為目標，利用“傳幫帶”模式推進醫療、教學、科研、預防、管理等各方面能力和水平的提升。
