中國醫學科學院阜外醫院始建于1956年，是一所集醫療、科研、預防和人才培養于一體的三級甲等專科醫院，是北京市醫保定點單位。
2021年8月，中國醫學科學院阜外醫院實驗診斷中心被評選為第20屆全國青年文明號。
2021年11月20日，入選2020年度中國醫院綜合排行榜。2021年12月3日，門頭溝區政府與中國醫學科學院阜外醫院簽署戰略合作框架協議，共同推動首批國家醫學中心阜外西山院區落地門頭溝。
開拓進取引領心血管診療技術發展
建院初期，阜外醫院開展了胸廓成形術、肺切除術、食管癌切除術以及低溫直視與體外循環心臟直視手術，填補了我國技術空白。二十世紀七八十年代，開展了我國例室壁瘤切除術、冠狀動脈搭橋術和人工生物瓣置換術等新技術，奠定了“阜外”在胸心血管外科領域的地位。改革開放以來，醫院陸續開展國內例急性心肌梗死冠狀動脈內溶栓、Bentall術、大動脈調轉術、急性心肌梗死及并發心源性休克的直接PCI、冠狀動脈支架置入術（裸支架）、不停跳非體外搭橋術、雜交冠狀動脈血運重建術，國際例大動脈雙根部調轉術、雜交技術新生兒室間隔完整型肺動脈瓣閉鎖等諸多新技術。
為加快疑難重癥心血管疾病救治難題破解，阜外醫院始終堅持探索新技術，示范引領國內外臨床診療新實踐。2023年共開展26項新技術、新項目。包括單純超聲引導下完全可降解封堵器介入房間隔缺損、左心耳脈沖消融封堵系統用于非瓣膜性房顫患者的、CorVard 4.0介入式心室輔助系統高危PCI技術臨床應用等國內首創、國際的醫療攻關技術。此外，結合臨床診療能力提升規劃，醫院著力于構建心血管急癥患者多學科一體化急救體系、心血管病人群呼吸睡眠平臺管理體系、新生兒及兒童先心病圍術期肺功能量化評價及救治體系，升級圍手術期麻醉、心臟外科手術及術后恢復各環節診療水平與技術設備，為相關疾病患者構建有效的臨床路徑，提高診療水平和效率，促進患者術后康復。
豐厚的科研基礎條件與科研平臺
阜外醫院擁有心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心2個研究平臺，國家衛生健康委心血管臨床研究重點實驗室、國家衛生健康委心血管疾病再生醫學重點實驗室、心血管植入材料臨床前研究評價北京市重點實驗室、心血管疾病分子診斷北京市重點實驗室4個省部級研究平臺，以及中國醫學科學院冠心病風險預測與研究重點實驗室、中國醫學科學院肺血管醫學重點實驗室、中國醫學科學院心血管流行病學重點實驗室等7個醫科院級研究平臺。
優化社區衛生服務模式
自2009年起，阜外醫院積極探索社區防治轉診模式，與北京多家具有代表性的醫院啟動合作與防治項目，與北京市五大城區衛生局簽署了對口支援協議書，推行專家定期社區出診，已形成北京市社區心血管疾病“前篩”、“后療”和“健教”三個基地。2013年組織召開全國心血管病社區防治工作經驗交流會，不斷探索和完善心血管病防治健康管理服務模式。近年來，阜外醫院與時俱進，探索以信息化為支撐的“互聯網+智慧醫療”的新型干預模式，成功研發臨床輔助決策工具，建立了針對患者和醫生兩個層面的綜合干預管理系統，更好地適應基層醫療衛生機構高血壓管理需要，提升慢病防控能力及水平。
