醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。
中國醫學科學院阜外醫院（以下簡稱阜外醫院），是三級甲等心血管病專科醫院，目前正朝向綜合型醫院轉型發展。阜外醫院是國家心血管病中心所在地，是心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心建設承擔單位，是獲得全國首批“輔導類”國家醫學中心和全國國家醫學中心實質落地項目建設單位，以診治各種復雜、疑難和重癥心血管疾病而享譽國內外，已成為世界上的心血管疾病診治中心和集醫療、科研、預防和人才培養于一體的醫學研究與教育中心。
阜外醫院現有病房39間，手術室27間（含多模態手術室1間），復合手術室6間，導管室18間（含日間手術室1間），編制床位數1521張，實際開放床位數1392張。阜外醫院將“持續建設、完善‘以心血管學科為引領，相關學科協調發展’的布局，為推動未來向綜合性醫院轉型奠定基礎”視作為核心發展目標之一，科學合理地調整學科配置及規模，現有臨床中心涵蓋心血管內科、外科疾病診療中心、影像中心以及心血管相關疾病診療中心；新興學科包括腎內科、呼吸內科、神經內科、消化內科、五官科、中醫科等。
豐厚的科研基礎條件與科研平臺
阜外醫院擁有心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心2個研究平臺，國家衛生健康委心血管臨床研究重點實驗室、國家衛生健康委心血管疾病再生醫學重點實驗室、心血管植入材料臨床前研究評價北京市重點實驗室、心血管疾病分子診斷北京市重點實驗室4個省部級研究平臺，以及中國醫學科學院冠心病風險預測與研究重點實驗室、中國醫學科學院肺血管醫學重點實驗室、中國醫學科學院心血管流行病學重點實驗室等7個醫科院級研究平臺。
