醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。
影響深遠的國際交流
阜外醫院立足“國際”心血管病醫院建設，積極推進高水平、多層次國際合作。持續保持與加強同國際醫學機構合作，組織參加或開展多項國際多中心臨床研究。圍繞服務“一帶一路”戰略，與沿線多個國家心血管醫院簽署合作協議，開展境內外發展中國家青年醫生培養教育活動，推動“一帶一路”沿線國家提高心血管病防治水平。積極擴大阜外品牌影響力，積極主辦和引進高水平國際學術會議，中國心臟大會、中國血管大會等，吸引和邀請國際學者參會并發布國際研究成果。
開創中國心血管病防治事業
阜外醫院心血管病流行病學防治研究工作始于1959年。1978年建立了中國個心血管病流行病學研究室，是我國個從事心血管病流行病學和人群防治研究的專業研究室。2000年成立群體遺傳學及防治研究室，在我國心血管人群防治基礎上開拓了新的遺傳流行病學的發展領域。2004年9月衛生部心血管病防治研究中心落戶阜外，具體負責推動全國的心血管病防治和研究工作。2013年國家心血管病中心投入實質運營，軟硬件設施得到極大改善，心血管疾病防治工作站上了更高平臺。
加強心血管防治新體系建設
阜外醫院始終以“心血管病高危人群早期篩查與綜合干預項目”“國家基層高血壓管理防治管理項目”“三高（高血壓、高血糖、高脂血癥）共管項目”“中國居民心血管病及其危險因素監測項目”四大國家項目為媒介，提升基層衛生服務能力。
心血管病高危人群早期篩查與綜合干預項目自2014年啟動，十年間累計篩查社區居民超過524.7萬人次，檢出心血管病高危對象146.4萬人，并完成風險監測干預隨訪465.7萬人次。
