中國醫學科學院阜外醫院始建于1956年，是一所集醫療、科研、預防和人才培養于一體的三級甲等專科醫院，是北京市醫保定點單位。
2021年8月，中國醫學科學院阜外醫院實驗診斷中心被評選為第20屆全國青年文明號。
2021年11月20日，入選2020年度中國醫院綜合排行榜。2021年12月3日，門頭溝區政府與中國醫學科學院阜外醫院簽署戰略合作框架協議，共同推動首批國家醫學中心阜外西山院區落地門頭溝。
醫院總用地面積5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；預防研究區（門頭溝西山園區）總用地面積7.33萬平方米，總建筑面積目前為3.7萬平方米，未來將達到9.2萬平方米。醫院設有36個病房，26個手術室（其中包含5個復合技術手術室），17個導管室，1521張編制床位數，實際開放床位數1291張。在職員工3571人，中高級職稱專業技術人員1440人（數據截至2020年12月31日）。同時，配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT等與世界接軌的醫療科研設備。
世界上規模的心血管疾病診治中心
伴隨2006年阜外醫院內科介入診療總量首次破萬、2011年外科手術總量首次破萬，阜外醫院成為世界范圍內內、外科手術量均突破萬例的特大心血管疾病診療中心。
2023年全年門診942966人次，急診46470人次，急診危重癥搶救19529人次；出院85842人次，床位周轉65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手術18874人次，內科介入手術56223例、射頻消融9559例、起搏器植入術2063例。在醫療服務數量持續增長的同時，患者平均住院日、手術死亡率、出院患者死亡率等多項醫療質量評價指標優異。阜外醫院在國家三級公立醫院績效考核（其他專科手術組）中連續五年排名，繼續保持專科醫院等級A等，CMI值（代表收治病例疑難復雜度的病例組合指數）連續五年排名。
加強心血管防治新體系建設
阜外醫院始終以“心血管病高危人群早期篩查與綜合干預項目”“國家基層高血壓管理防治管理項目”“三高（高血壓、高血糖、高脂血癥）共管項目”“中國居民心血管病及其危險因素監測項目”四大國家項目為媒介，提升基層衛生服務能力。
心血管病高危人群早期篩查與綜合干預項目自2014年啟動，十年間累計篩查社區居民超過524.7萬人次，檢出心血管病高危對象146.4萬人，并完成風險監測干預隨訪465.7萬人次。
