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北京大學腫瘤醫院有國家重點學科1個(腫瘤學)、國家臨床重點專科2個(腫瘤科、病理科)、北京市重點學科4個(胃癌防治中心、乳腺癌防治中心、影像介入中心、超聲診斷中心)、北京市中醫管理局重點學科1個(中西醫結合科暨老年腫瘤科)，全國名老中醫藥專家傳承工作室1個，北京學者工作室2個，是消化系腫瘤整合防治全國重點實驗室，是惡性腫瘤發病機制及轉化研究教育部重點實驗室、惡性腫瘤轉化研究北京市重點實驗室、國家藥監局重點實驗室所在單位、抗腫瘤新藥及新技術研發北京市工程研究中心、北京市國際科技合作基地、北京市首批示范性研究型病房、科技部抗腫瘤新藥療效與性評價信息化平臺的建設單位。被國家衛健委授予首批腫瘤多學科診療試點醫院、國家首批腫瘤高通量基因測序臨床試點單位;是承擔北京地區癌癥發病登記與生存統計，并向政府及WHO提供數據的中心。是北京協會、北京癌癥康復會的掛靠和依托單位。

北京大學腫瘤醫院與許多國際知名腫瘤研究機構建立了密切的合作關系，每年不斷有國內外專家學者來院參觀、考察、講學，進行科研協作與學術交流。醫院也不斷有科研、臨床、醫技專業人員出國訪問、進修、短期工作或參加國際學術會議。

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