北京同仁醫院擁有教育部重點實驗室1個，工信部重點實驗室1個，北京市重點實驗室5個;工程研究中心1個，省部級工程研究中心4個;省部級國家科技合作基地2個，北京實驗室1個。醫院是全國防盲技術指導組和防聾治聾技術指導組組長單位，設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，作為國際眼庫協會會員單位，設有北京同仁眼庫。
北京同仁醫院作為首都醫科大學第四臨床醫學院，醫院承擔著重要的教學任務;首都醫科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在醫院內。醫院現有研究生學位點28個，其中博士學位點13個;碩士研究生導師163名，其中博士研究生導師67名，國家住院醫師規范化培訓專業基地16個。2012年以來，醫院獲批項目(課題)243項，獲省部級及以上(含社會力量獎)31項，其中國家獎3項。
眼底外科主要針對眼底疾病進行診療，包括但不限于視網膜疾病、黃斑病變、青光眼等。這些疾病在眼底外科中都有專門的診療方法，包括治 療、激光治 療、手術治 療等。如視網膜脫離通常需要進行手術治 療，而黃斑病變可能需要或者激光治 療，青光眼則可能需要、激光或者手術治 療。眼底外科是關注眼底疾病的專科，對于這些疾病的診治都有專門的方法和手段。
北京同仁醫院眼底科現已發展成為我國規模大、技術力量強的眼底病手術專科。多年來在國內始終保持黃斑疾病手術量首 位。在黃斑部疾病、各種視網膜脫離、糖尿病視網膜病變、高度近視眼底病變、早產兒視網膜病變、眼內腫瘤等主要眼底疾病的診治水平均處于國際先 進水平。
